היין קיבל את שמו לכאורה מהאבירים שהשתתפו במסעות הצלב המפורסמים במאה ה 13, אך נראה כי היין התגלה עוד מוקדם הרבה יותר, סביב 2000 לפנה"ס. כך לפי אתר greece.greekreporter.com. 

קומנדריה אינו רק היין העתיק ביותר שהוכר על ידי ספר השיאים של גינס, הוא אף היין העתיק ביותר ששוייך לאזור "Designation of Origin". מלך צרפת, פיליפ כינה בשנת 1223 את הקומנדריה, ראש וראשון ליינות ומאז נודע היין בכל אירופה בשמו קומנדריה. השם נגזר מהאזור בו יוצר היין, בחלקו הדרום מערבי של האי אשר נקרא בתקופת מסעות הצלב "Grand Commanderia".

במעשיות ואגדות אחרות מסופר כי מלך אנגליה ריצ'ארד שתה קומנדריה בחתונתו וכינה את המשקה "יין המלכים, ומלך היינות".

במהלך השנים, ייצור הקומנדריה הואץ, עד כדי כך שבשנת 1879 ציין חוקר היבשות הבריטי סר סמואל וויט בייקר כי קפריסין מייצאת 230 אלף ליטרים קומנדריה בשנה לאוסטריה.

בעיר לימסול, יש מתכון מיוחד לקומנדריה. שם המשקה מוגן בשם המוכר בעולם כייחודי לקפריסין. המתכון כולל דבש, וניל, תבלינים שונים, פירות מיובשים וטעם מתוק מורכז כלשהוא. אחד הדברים המיוחדים בייצור הקומנדריה, הוא שלאחר בציר הענבים, הכורמים משאירים אותם בשמש להתייבש למשך 10 ימים.

היין המיוצר מיושן משך שנתיים בחביות אלון ומבוקבק ככל שהשנים חולפות צבע המשקה הופך ענברי יותר וטעמו המתוק וריכוזו מתגברים אף הם.