יקב כפירה הוקם ע"י ד"ר רוני שפירא, מומחה למיקרוביולוגיה, במושב נטוף שבהרי ירושלים. ב 1996 החל ד"ר שפירא להשתמש בענבי מושב יונתן שברמת הגולן בניסוייו בפקולטה לחקלאות ברחובות. מענבים אלה ייצר את היין הראשון ביקבו הקטן שבמושב.